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運用宏觀基因體分析平台建立人體菌相圖譜及細菌與疾病之風險評估模型

為了解決Dr. Martens 1461 Bex的問題，作者邱致閔 這樣論述：

人體的各部位中存在著許多細菌，部分對人體有益，而部份則可能會傷害及影響人體健康。近年來，高通量次世代定序技術已能準確的應用於微生物及細菌的鑑定。此研究致力於發展一個運用高通量16S rRNA定序技術建立人體菌相圖譜及建構細菌相關疾病之風險評估模型之分析平台。藉由文獻及公開的序列資料庫蒐集細菌之16S rRNA序列建構細菌16s rRNA序列資料庫，並搭配序列品質控管、奇美拉序列偵測、序列分類及序列比對來對於人體中的菌種鑑定。目前此研究蒐集了174台灣健康人類糞便樣本及針對七項腸胃道疾病找出78個疾病相關之細菌特徵，建構細菌相關疾病之風險評估模型評估腸胃道相關疾病之風險。此研究亦於不同時期蒐集

了81個台灣人糞便樣本及51個台灣人糞便樣本用來初步測試此平台的應用能力。目前鎖定腸胃道相關疾病、陰道相關疾病及不孕症蒐集相關細菌特徵，並搜集糞便、陰道及精液樣本進行case-control研究，以期能夠找到新的疾病相關之細菌特徵，進而延伸細菌相關疾病之風險評估模型。此平台能夠大量分析人體部位之細菌族群，並藉由蒐集健康台灣人樣本建立台灣人菌相圖譜，進而利用細菌相關疾病之風險評估模型分析應用於臨床檢測及研究，了解那些細菌與人體健康息息相關並藉由菌相的了解發展新的治療方法。

海洋黃桿菌合成玉米黃素之生態生理重要性及其反溶劑微粒化之研究

為了解決Dr. Martens 1461 Bex的問題，作者哈錫夫 這樣論述：

隸屬於擬桿菌門 (Bacteroidetes) 的海洋黃桿菌屬，具有生態及系統演化多樣性且扮演全球海洋中碳循環的重要角色。從前藉由培養及模式分析證明海洋黃桿菌屬具有生成類胡蘿蔔素之能力，然而本土海洋黃桿菌屬中類胡蘿蔔素之生成及其生理生態關聯性仍難以捉摸。本研究首次藉由探討海洋黃桿菌屬中玉米黃素對 ATP合成與碳固定所扮演的角色以釐清此不確定性。以基因組資訊 (15 屬、17 菌株) 進行比較並以紫外光-可見光分光光度計與質譜儀對Muricauda lutaonensis CC-HSB-11T, Lutaonella thermophila CC-MHSW-2T, Siansivirga ze

axanthinifaciens CC-SAMT-1T, Leeuwenhoekiella blandensis MED217T, Zeaxanthinibacter enoshimensis TD-ZE3T, Mesoflavibacter zeaxanthinifaciens TD-ZX30T, Polaribacter dokdonensis DSW-5T, Dokdonia donghaensis DSW-1T 及Robiginitalea biformata HTCC2501T篩選細胞內類胡蘿蔔素，推測玉米黃素為古老海洋黃桿菌主要的類胡蘿蔔素型式。海洋黃桿菌屬中β-carotene

hydroxylase (CrtZ) 基因表現提供了綠光對玉米黃素具感光能力的主要證據。溫泉菌CC-HSB-11T的蛋白質數據顯示succinyl-CoA合成酵素 (SCS) 為主要的玉米黃素結合蛋白。經由重組原核SCS圓二色光譜的鍵結研究發現，玉米黃素鏡像的蛋白鍵結位置造成紅移現象 (約7–8 nm) 再次確認初始的蛋白質數據。此些證據均提供了玉米黃素與SCS新穎鍵結的重要證據。此外，綠色光源於MED217T誘發SCS中α與β次單元的表現，顯示鮮明的綠光可促使ATP的合成。根據基因型、轉錄型及蛋白質體數據，對海洋黃桿菌其綠光驅動模式與玉米黃素調節ATP的合成提出假設模式。本研究首次在海洋黃桿

菌染色體中，篩選非關視紫紅質-光生理學，且具無機碳吸收及固定轉錄之蛋白基因。由MED217T菌株基因表現分析碳酸氫根輸送蛋白 (bicarbonate transporter, BicA)、碳酸酐